2000年
3月1日，南方都市报《深圳新闻》和《深圳杂志》在福田区上步中路1021号一间简陋办公室创办，标志着南都正式进驻深圳。
12月22日，南方都市报刊登记者调查《A BA是个惊天大骗局》，揭批巨骗“A BA”。
2001年
7月，南方都市报推出“黑豆腐”连续报道，披露“黑豆腐”由肮脏的地下作坊运至有“政府菜篮子工程”之称的方群食品厂，再运至各大市场、超市销售的事实。
2002年
4月19日，南方都市报开始推出“无病检出性病”系列专题，对南山计生中心的医疗诈骗行为进行揭批。
2003年
1月7日，南都深圳刊出《深圳，你被谁抛弃？》一文，引起强烈反响，最终促成市长与网民的直接对话。
2004年
2月29日，南方都市报社区读者节暨“百姓讲坛”在鹿丹村首次开讲。
2005年
7月10日，杀人者“阿星”联系南方都市报诉说杀人的经过，并在南方都市报帮助下向警方自首。
2006年
3月5日，深圳市公安局与南方都市报联合发起深圳首次公安英烈大型公祭活动举行，南方都市报推出“追思警魂”系列报道，引起全社会强烈反响。
2007年
4月6日，南方都市报开始推出纪念香港回归十周年《深港关系四百年》连续报道。
2008年
5月12日，南方都市报推出暗访报道《路面电子眼 夜窥私房事》，警方多名工作人员被处理。
10月29日，深圳海事局党组书记林嘉祥酒楼猥亵11岁女孩被南方都市报率先曝光，经网友“人肉搜索”，最后林嘉祥被免去党内外职务。
2009年
2月，南方都市报在深圳市“两会”期间，首创性提出“民间提案”，并在之后每年延续。当年的南都一号提案聚焦深圳液化瓶装气价格，推动深圳液化瓶装气在一年之内降价5次，并最终形成与成本价格接轨的市场机制。
7月，南都开始每年暑期举办“留守儿童圆梦行动”，让孩子们与父母在深圳相聚，发动全社会对留守儿童予以更多的关注。
2010年
7月，南都率先报道深圳居民赴港“打酱油”现象，随后成为全国关注的热点事件。
2011年
大运会前夕，南方都市报作为大运会首家官方合作媒体，以《大运日报》冠名深圳叠，并定期推出《大运风》特刊。
2012年
7月，南方都市报首届“留守儿童合唱团”启动全国招募，通过海选参加合唱培训，组建国内第一个留守儿童合唱团，并在活动结束时于深圳音乐厅举办音乐会，向社会汇报演出。
7月，南都深圳新闻部因为出色的大运会报道，被授予全国“工人先锋号”荣誉称号。
8月，创办《鹏城通》系列社区报，覆盖深圳绝大多数行政区。
2013年
5月，率先报道深圳坝光拟建燃煤电厂一事，紧密跟踪，最终促使该项目下马。
2014年
1月，南都曝光城管局8名局处级官员赴宴，该局副局长受处分。
6月，南都深圳微信公号——“深圳大件事”发出第一篇推文。
2015年
1月，南都曝光“深圳官员私人聚餐安排巡防员巡查”事件，涉事局长被免，多名官员被处理。
10月，南都推出“马上办”栏目，致力于各种民生热点、难点问题的解决，并从媒体视角进行打分评价。
11月，南都率先披露深圳美莲小学塑胶跑道不合格问题，随后多个学校问题跑道浮出水面，引发全国关注“毒跑道”事件，推动本地立法完善。
2016年
6月，时任深圳市委书记马兴瑞致信点赞南都“马上办”栏目，信中评价马上办“既盯住了民生热点难点问题，又盯住了党委、政府部门履职尽责情况，形成了从发现问题、解决问题到效果评价的良性循环。”
11月，南都独家曝光龙华爱义学校初一学生遭受校园欺凌事件，成为全国热点事件，深圳教育系统以此加强校园欺凌防范和专项治理工作，并建立了校园欺凌案件信息通报和联动机制。
2017年
4月，南都推出独家暗访报道，揭露深圳多家三甲医院医生与不法分子伪造病历套现医保问题，国家人社、卫健等多部委成立调查组进驻深圳展开调查，最终涉事三家医院被全市通报批评，涉事多名医生被处理。
5月，南都持续报道深圳一名男子卖两只鹦鹉一审获刑五年一事，“鹦鹉案”引发全国关注，终审涉案被告王某改判有期徒刑二年。
8月，2017年度广东省新闻战线“走基层、转作风、改文风”活动优秀作品和先进集体活动评选结果揭晓，南方都市报深圳采编中心荣获先进集体奖。
2018年
1月，深圳“两会”期间，南都持续关注深圳政府网站部分网页打不开、咨询电话不通等问题，成为两会热点话题。推动全市大排查。市长公开回应感谢媒体监督和帮助，表态深圳将加快建设一流智慧城市。
3月，南都深圳推出“黄金24小时榜单”，以媒介视角助力政府和企业信息公开建设提升。
5月，广东省新闻媒体优秀品牌栏目评审结果出炉，南都“马上办”栏目入选。
12月，南都智库产品发布周上，汇聚400余份有效调查问卷、上万项数据的《2018年深圳民企发展深调研报告》出炉，南都深圳以合计1.8万字的调研报告，来破解剖析民营企业发展难题。
2019年
4月，411深圳暴雨事件，南都多路记者彻夜蹲守，全程直播，融媒体报道，总阅读量破两千万。
5月，南都持续调查报道“富源学校高考移民事件”，首篇即阅读量三百万+，引爆全国热点。广东省教育厅接连发声对该事件表态，深圳市教育局随后公布调查及处罚结果。
9月，“深圳大件事”用户破百万，成为深圳本土机构媒体公号第一家。
12月，南都（深圳）智库周产品发布会举行，多项智媒实践成果出炉，发布会上，深圳市南都智媒中心正式诞生，标志着南都深圳智库化转型进一步提速升级。同月底，深圳市南都智媒中心承办的“2019首届南山智创峰会”举行，现场重磅发布了《南山区创新载体高质量发展报告》。
2020年
3月 南都与深圳市委宣传部携手推出“深圳全城为最美逆行者亮灯”加油行动，支援湖北医务人员摘下口罩的最美模样，在市中心区多栋楼宇集体“点亮”。同月底，支援湖北医务人员归来时，南都和深圳市委宣传部又联合推出“最美逆行者”专属灯光秀，在福田中心区、南山人才公园和宝安海滨广场等同时上演。“最美逆行者亮灯”系列策划获广东省委副书记、深圳市委书记王伟中点赞。
